게놈 유전자 슬롯 머신 룰

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저희 연구실에서는 고구마 및 기타 작물에 대한 유전자 육종 연구를 수행하고 있습니다 대량의 DNA 염기서열 데이터를 출력하는 고속 염기서열슬롯 머신 룰기(Next Generation Sequencer: 이하 NGS)를 활용하여 해충저항성과 수확량 등 중요한 농업형질에 대한 DNA 마커 개발 및 유전자 동정에 힘쓰고 있습니다 또한 질병 저항성 메커니즘을 규명하기 위해 유전자 발현 슬롯 머신 룰(Iso-Seq, RNA-seq 슬롯 머신 룰 등) 및 배수체 작물 종에 적용할 수 있는 새로운 유전형 슬롯 머신 룰 시스템을 개발하고 있습니다 작물 품종 보호를 목표로 실제 현장에서 활용 가능한 품종 식별 기술 개발에도 힘쓰고 있습니다

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  • 교수 몬덴 유키
  • 이메일: y_monden [at] okama-uacjp
  • 전문분야: 고구마/식물유전자육종/유전슬롯 머신 룰/NGS/고배수체/품종식별/DNA마커

연구원 목록
게놈 전체 다형성 슬롯 머신 룰을 사용하여 농업 특성과 관련된 유전 영역 식별

고구마의 다양한 품종과 계통

고구마는 배수체(육배체)(2n=6x=90)이므로 유전 패턴이 복잡하고 유전자 슬롯 머신 룰이 매우 어렵습니다 우리는 NGS를 이용하여 유전적으로 복잡한 고구마에 대한 대규모 유전자 슬롯 머신 룰을 수행하고 있습니다 실제로 최근 연구 결과는 고구마의 수확량과 외관 품질에 큰 영향을 미치는 유해 선충류와 바구미에 대한 저항성과 관련된 유전적 영역을 찾는 데 성공했습니다! 괴경 색상 및 수확량과 관련된 유전 영역도 발견되었습니다 이 정보를 이용하여 우리는 내성 개체를 조기에 선별할 수 있는 DNA 마커 개발에도 노력하고 있습니다

 

질병 저항성 메커니즘을 밝히기 위한 유전자 발현 슬롯 머신 룰
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발현 변수 유전자

고구마가 선충류 및 바구미와 같은 유해한 선충류에 대한 저항성을 키우는 메커니즘에 대해서는 알려진 바가 거의 없습니다 따라서 저항성 품종과 감수성 품종을 이용하여 유전자 발현을 종합적으로 규명하기 위해 전사체 슬롯 머신 룰을 실시하고 있습니다 이를 통해 저항성을 조절하는 유전자를 확인하거나 저항성 메커니즘에 대한 지식을 얻을 수 있기를 바랍니다 이 정보를 활용하면 저항성 품종의 효율적인 육종도 가능할 것으로 기대된다

 

레트로트랜스포존 삽입 부위를 이용한 작물 품종 식별 기술 개발
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레트로트랜스포존 마커

농업 작물 품종 식별은 우수한 품종을 보호하기 위한 중요한 테스트입니다 최근에는 일본에서 생산된 고품질 품종이 무단으로 해외로 반출되어 도난당하거나 라벨이 잘못 표기되거나 일본으로 다시 수입되는 상황이 발생하고 있습니다 이에 우리는 이러한 상황을 예방하고 귀중한 농작물 품종을 보호하기 위해 품종식별기술 개발에 힘쓰고 있습니다 공동연구를 통해 고구마, 사과, 딸기, 감귤, 포도, 밀 등 다양한 작물에 대한 기술을 개발했습니다 레트로트랜스포존(retrotransposon)이라고 불리는 복제된 DNA 서열의 삽입 위치 정보를 활용하여 쉽고 정확한 품종 식별이 가능한 기술을 개발하고 있습니다

고구마, 차세대 염기서열슬롯 머신 룰, 품종개량, 육종, 품종결정, 유전자슬롯 머신 룰기타에 관심이 있으신 분들은 꼭 놀러오세요!바비큐당신이 좋아하는 사람PC또한 환영합니다!

 

보도자료 목록

  • (2023년 5월 9일)

  • (2020년 6월 24일)

  • (2020년 3월 13일)

  • (2014년 8월 8일)

  • (2014년 8월 8일)

 

최근 주요 성과
  1. 8개의 주요 일본 감귤 품종에 대한 크로마토그래피 인쇄 배열 스트립 방법을 기반으로 한 대상 품종별 식별 시스템입니다 Okamoto, M, Monden, Y, Shindo, A, Takeuchi, T, Endo, T, Shigematsu, Y, Takasaki, K, Fujii, H 및 Shimada, T Breeding Science, 출판물(2023)
  2. 트랜스포존 종합 조사엠핑삽입 부위 및 전사체 슬롯 머신 룰 Monden, Y, Tanaka, H, Funakoshi, R, Sunayama, S, Yabe, K, Kimoto, E, Matsumiya, K 및 Yoshikawa, T, Frontiers in Plant Science, 13, 969582, (2022)
  3. 차세대 염기서열 슬롯 머신 룰 기반 연관 연구를 사용한 6배체 고구마의 선충 저항성 매핑 Obata, N, Tabuchi, H, Kurihara, M, Yamamoto, E, Shirasawa, K 및 Monden, Y, Frontiers in Plant Science, 13, 858747, (2022)
  4. 밀 및 관련 종의 게놈 슬롯 머신 룰 및 진화 연구를 위한 효율적인 DNA 마커 시스템으로 소형 역반복 전치 요소 삽입 다형성을 활용합니다 Ubi, BE, Gorafi, YSA, Yaakov, B, Monden, Y, Kashkush, K 및 Tsujimoto, H Frontiers in Plant Science, 13, 995586, (2022)
  5. 전사체 슬롯 머신 룰을 통해 6배체 고구마의 바구미 저항성과 관련된 주요 유전자가 밝혀졌습니다 Nokihara, K, Okada, Y, Ohata, S 및 Monden, Y Plants, 10, 1535-1535, (2021)
  6. 낮은 적용 범위의 NGS 기반 유전형 슬롯 머신 룰 데이터를 사용한 자동육배체 고구마의 유전자 매핑 Yamamoto, E, Shirasawa, K, Kimura, T, Monden, Y, Tanaka, M 및 Isobe, S G3, 10, 2661-2670(2020)
  7. 게놈 전체 SNP를 사용한 고구마(Ipomoea batata)의 농업적 특성에 대한 QTL 슬롯 머신 룰 및 GWAS Haque, E, Tabuchi, H, Monden, Y, Suematsu, K, Shirasawa, K, Isobe, S 및 Tanaka, M Breeding Science, 70, 283-291 (2020)
  8. 레트로트랜스포존 삽입 다형성에 기초한 DNA 마커는 딸기 품종 식별을 위한 짧은 DNA 단편을 감지할 수 있습니다 Hirata, C, Waki, T, Shimomura, K, Wada, T, Tanaka, S, Ikegami, H, Uchimura, Y, Hirashima, K, Nakazawa, Y, Okada, K, Namai, K, Tahara, M and Monden, Y Breeding Science, 70, 231-240 (2020)
  9. 고구마의 특성 유전자좌 슬롯 머신 룰 및 전체 게놈 연관 연구를 정량적으로 수행하여 Meloidogyne incognita에 대한 저항성과 관련된 분자 마커 개발 Sasai, R, Tabuchi, H, Shirasawa, K, Kishimoto, K, Sato, S, Okada, Y, Kuramoto, A, Isobe, A, Tahara, M 및 Monden, Y DNA Research, 26, 399-409 (2019)
  10. 고구마(Ipomoea batatas (L) Lam)의 수확량 및 바구미 저항성에 대한 게놈 차원 연관 연구(GWAS) Okada, H, Monden, Y, Nokihara, K, Shirasawa, K, Isobe, S 및 Tahara, M 식물 세포 보고서, 38, 1383-1392 (2019)
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